Bilim adamı Dr.Fuji, efsanevi Pokémon Mew'in kirpiklerine dayanan canlı bir silah oluşturmak için klonlama uzmanlığını kullanır. Team Rocket'in lideri Giovanni tarafından işe alınır. Silah yaratıldıktan kısa bir süre sonra duyarlılık kazanır ve Mewtwo olarak adlandırılır.